药师佛心咒全文及注音：
nā南mó谟bó薄qié伽fá伐dì帝。pí鞞shā杀shè社。jù窭lǔ噜bì薛liú琉lí璃。
bō钵lá喇pó婆。hé喝là啰shé阇yě也。dá怛tuō他jiē揭duō多yě也。
ā阿là啰hē喝dì帝。sān三miǎo藐sān三bó勃tuó陀yě耶。dá怛zhí侄tuō他。
ōng唵。pí鞞shā杀shì逝。pí鞞shā杀shì逝。pí鞞shā杀shè社。sān三mó没jiē揭dì帝suō莎hē诃。
药师咒发音注解：
南谟：读作(nā那 mó摩)，或读(ná拿 mó摩)(今人读此音居多)，是“南无”的不同音译词。
薄：读音为(bó伯)。
鞞：有三种读法：(pí皮)、(bǐ比)、(bǐng丙)。这里念(pí皮)比较合适。因鞞通毗，“鞞杀社”，也译成“毗煞社”;“阿鞞跋致”，也译成“阿毗跋致”;“鞞嚧社那”，也译成“毗卢舍那”。(见《佛学大辞典》。)
窭：读作(jù巨)。
薜：读(bì毕)。
喇：古读(là辣)，见《康熙字典》、《中华大字典》：音辣。今读(lǎ)(lā)(lá)。
喝啰阇也：此句中的“喝”，应读成(hé合)，古音“合”。
阿啰喝帝：此句中的“喝”，通“诃”，所以应该读作(hē诃)。
啰：各地多读成(là辣)，此字与喇通假。
阇：读作(shé蛇)。
怛(dá答)他(tuō拖)揭多也。
怛(dá答)侄(zhí直)他(tuō拖)。
唵：读(ōng嗡)或读(ǎn俺)。藏语系佛教读(ōng嗡)音，汉语系佛教多读(ǎn俺)音。
三没(mó古音模)揭帝莎(suō通娑)诃。
药师咒释义：
南谟薄伽伐帝，鞞杀社窭噜，薜琉璃，钵喇婆，喝啰阇也，怛陀揭多耶，阿啰喝帝，三藐三勃陀耶。怛侄他：唵!鞞杀逝，鞞杀逝，鞞杀社，三没揭帝，娑诃!
南无 --皈依礼敬，有时简短说【皈命】。
薄伽伐帝 --即是【世尊】“薄伽梵”另一音译。因此念时帝音是轻声的 t音。
杀社 --“社”字发音现在有人注为“及牙--连音”，其实社字用台语发音(西牙连音)就很正确了。意思是【药】。
噜 --【师】现在也用“古鲁”。
薜琉璃 --这句也音译为“排都里牙”，即是【琉璃】
钵喇婆 --【光】的意思。
喝棉也 --【王】，因为药师佛为东方七佛之首(这依世尊提及的顺序而列)。
怛他揭多也 --【如来】(也译“打他噶打牙”)
阿棉喝帝 --【应供】
三藐三勃陀耶 --【正等正觉】
怛侄他 --【即是】也译为“所谓”。
身语意 --【三身皈命】，即“真正的咒心”，真言门用来启动咒语之用。
杀逝、杀逝--【药、药】，“逝”(读音“接”)为多数词连用时的变音
杀社 --【药】，单用或连用一字时的结束词。
三没揭谛 --【自度度他】。“没”字音为“墨”字，有译为“母尔”。
娑诃 --【圆满达成】。也译为梭诃，或其它如“娑婆诃”等。
所以整句咒的意思是：
【皈命世尊药师琉璃光王如来应供正等正觉，即是三身皈命药、药、药，自度度他，圆满达成】
所以药师如来有三种药，身药、语药、意药，身药找医师，语药靠慈悲，意药便是清净心，三药能去病，三业障难自然消除，是不是很有道理?
