柏孜克里克千佛洞中最早的洞开凿于东汉，经历了唐、五代、宋、元的漫长岁月。历朝君王都在柏孜克里克大开洞窟。据统计，柏孜克里克千佛洞只有87个，现存57个，有40个还有壁画。在绘有壁画的洞窟中，壁画的主要内容大多是反映佛教内容的故事画，还有大批神态各异栩栩如生的佛像。壁画用多种颜料勾画，绚烂夺目金碧辉煌。值得一提的是，此处还有反映摩尼教的洞窟和壁画，是世界上屈指可数保存摩尼教艺术的所在地之一。柏孜克里克千佛洞的建筑和壁画，不仅是反映古代吐鲁番地区社会生活的重要实证材料，更是价值连城的历史文物和艺术珍品。
随着时间的流逝，战争、气候和环境的影响和变化，昔日繁华的柏孜克里克衰落了，千佛洞也在人们的记忆中逐渐消失。19世纪末20世纪初，中国是西方和日本探险家的乐园。从1904年开始，新疆地区的宝藏遭到德国人勒柯克的洗劫。两年前，德国探险队来到吐鲁番地区进行探险，当时在柏林民族人类学博物馆格伦威德尔教授的率领下，探险队对吐鲁番地区进行了比较全面的考察，柏孜克里克千佛洞也在此时进入了格伦威德尔的视线。作为研究艺术史的考古学家，他并不主张进行掠夺式的挖掘，尤其对壁画，他主张在详细登记、测量后，回去原样复制。因此，他带回国的实物并不多。尽管如此，格伦威德尔在新疆的考察还是引起了轰动。很多人鼓噪进行第二次探险。德国皇帝和当时的军火大王还给予了资助。但在这个节骨眼上，格伦威德尔病倒了，只能让勒柯克临时担任探险队领队。到了吐鲁番，勒柯克对从未见过的文物着了魔，他走过的地区，很多珍贵文物几乎被一扫而空。就在兴奋得意的时候，他接到格伦威德尔来的信。原来，格伦威德尔深知“文物屠夫”勒柯克的恶劣手段，病好后就匆忙赶来，人还没到先写封信告诫勒柯克不要随意挖掘。或许是这封信激怒了勒柯克，或许勒柯克感觉时间紧迫，收到信后，他反而命令探险队向柏孜克里克进发。
探险队进入柏孜克里克就在木头沟山脚下扎了营。当天夜里，勒柯克和副手进入洞窟一探究竟。当他们进入一个积沙累累的洞窟时，勒柯克为了弹掉靴子上的尘沙跺了跺脚，这时奇迹出现了:积沙顺着墙壁流落下来，一幅壁画呈现在面前。由于积沙的保护，壁画依旧光彩夺目，仿佛刚刚画完的一样。他们连夜清理所在洞窟，发现了其他精美绝伦的佛教壁画。两人欣喜若狂彻夜未眠。
第二天，勒柯克让探险队发掘所有洞窟，清除积沙。经过一番整理，20多幅壁画呈现眼前。勒柯克在
后来的考察记录《新疆的地下宝藏》中称，这些壁画大多反映的是佛教内容。让他惊奇的是，画中的佛像并非采用千人一面的画法，而是每个相貌都有自己的特征。一些画中还绘着古怪的传说故事，有一幅画绘着一个人身鸟头的怪物掳走一个小孩展翅飞翔，后面是愤怒的人群手持弓箭拼命追赶。壁画中还有不同种族的人物，比如印度神话中的王子，头戴羽毛冠鹰鼻深目的波斯人，红发碧眼的欧罗巴人。壁画中还有不少当时统治者等人的画像。
洞窟清理得差不多的时候，勒柯克开始盗割壁画了。这次到新疆来，他带了一种名叫“狐尾锯”的工具。他们先用锐利的刀子沿着壁画边沿将壁画与壁画切开。柏孜克里克地区洞窟的墙壁在开凿之后，多用一种以泥土、麦草、骆驼粪等混合的材质修整，壁画便绘在其上，因此锐利的刀子可以很轻松地将壁画后面的壁土层一起穿透。之后，他们小心地在壁画的一角弄开一个口子，然后用狐尾锯进入这个口子顺着边沿往中心切割。切割快完成时，在壁画下面的地上放块宽大的木板，上面铺着毛毡、干草及棉絮，切下的壁画被小心翼翼地放在上面，然后在壁画的背面同样放一块这样的木板，再将两块木板紧紧贴住，捆紧打包，盗割壁画的工作就算完成了。在这里，勒柯克共锯走28幅大型壁画，他得意地说:
“那里(柏孜克里克)的全部壁画都被我们带回柏林了。”虽然是吹嘘，但当时能发现的千佛洞壁画中的精品确实被勒柯克锯走了。1906年，勒柯克从柏孜克里克带回柏林的壁画、塑像、经卷等文物足足装满了103个巨型木箱，这个野蛮的文物盗猎者也因此成了“知名”探险家。而其他国家的探险家受了刺激，像秃鹫一样飞到新疆，一次次搜刮、盗割，壁画、经卷、塑像无一幸免。
今天，柏孜克里克的文物散落在世界各地，尤其是在英国和日本还保留着一些文物精品。原来收获最大的德国，却因第二次世界大战，收藏柏孜克里克千佛洞文物的博物馆被盟军的炸弹击中，那些在荒沙中保留了千年的文物、美轮美奂的壁画都消逝在炮火中了……
